Bayer 04 Leverkusen, ook wel het ‘Werkself’ genoemd, werd op 1 juli 1904 opgericht door medewerkers van het Duitse farmaceutische bedrijf Bayer AG. De vorming van het team is terug te voeren op Friedrich Wilhelm Carl Müller, een enthousiaste sportman die een groep van zijn collega's organiseerde om onder de bescherming van hun werkgever een nieuwe sportvereniging op te richten. Hier is een officiële link die meer informatie geeft over de geschiedenis van de club.
In de beginjaren concentreerde Bayer Leverkusen zich voornamelijk op atletiek en gymnastiek voordat hij zich in 1912 uitbreidde naar andere sporten, waaronder voetbal. Het duurde echter tientallen jaren voordat voetbal de dominante sport binnen de club werd. Tot de Tweede Wereldoorlog had Bayer Leverkusen weinig succes op het veld, met kleine prestaties in lokale competities en regionale competities.
Na de Tweede Wereldoorlog in 1946 fuseerde Bayer Leverkusen met een ander lokaal team genaamd TuS 1888 Wiesdorf, wat resulteerde in aanzienlijke verbeteringen in de veldprestaties dankzij betere middelen en spelers die tot hun beschikking stondenbron). Ze bereikten uiteindelijk de status van profvoetbal toen ze halverwege de jaren vijftig promoveerden naar Oberliga Nordrhein (II) – de toenmalige tweede divisie van Duitsland.
Enkele opmerkelijke vroege spelers zijn onder meer:
- Heinz-Jürgen Blome
- Peter Kunter
- Horst Trimhold