Bayer 04 Leverkusen, joka tunnetaan myös nimellä "Werkself", perustettiin 1. heinäkuuta 1904 saksalaisen lääkeyhtiön Bayer AG:n työntekijöiden toimesta. Joukkueen muodostuminen voidaan jäljittää Friedrich Wilhelm Carl Mülleriin, innokkaaseen urheilijaan, joka järjesti kollegansa perustamaan uuden urheiluseuran työnantajansa suojeluksessa. Tässä on virallinen linkki, joka tarjoaa lisätietoja seuran historiasta.
Alkuvuosinaan Bayer Leverkusen keskittyi ensisijaisesti yleisurheiluun ja voimisteluihin, ennen kuin se laajeni muihin lajeihin, mukaan lukien jalkapalloon vuonna 1912. Kesti kuitenkin useita vuosikymmeniä ennen kuin jalkapallosta tuli seuran hallitseva urheilulaji. Toiseen maailmansotaan asti Bayer Leverkusen menestyi kentällä vain vähän, mutta saavutti pieniä saavutuksia paikallisissa liigaissa ja alueellisissa kilpailuissa.
Toisen maailmansodan jälkeen vuonna 1946 Bayer Leverkusen sulautui toiseen paikalliseen joukkueeseen nimeltä TuS 1888 Wiesdorf, mikä johti merkittäviin parannuksiin kenttäsuorituskykyisissä käytössään olevien parempien resurssien ja pelaajien ansiosta (lähde). Lopulta he saavuttivat ammattilaisjalkapallon aseman, kun heidät nousi Oberliga Nordrhein (II) - silloin Saksan toiseksi divisioonaan - 1950-luvun puolivälissä.
Joitakin merkittäviä varhaisia pelaajia ovat:
- Heinz-Jürgen Blome
- Peter Kunter
- Horst Trimhold