Eintracht Frankfurt perustettiin virallisesti 8. maaliskuuta 1899 nimellä Frankfurter Fußball-Club Victoria von 1899. Alkuperäinen idea joukkueen perustamiseen oli perustaa jalkapalloseura, joka voisi edustaa Frankfurtin kaupunkia ja kilpailla muita alueen joukkueita vastaan. Vasta 24. toukokuuta 1911 he saavuttivat läpimurtonsa sulautumalla toiseen paikalliseen Kickers-seuraan muodostaakseen TuS Eintracht Frankfurt/Kickersin (lähde: einrichtfrankfurt.de).
Eintrachtin alkuvuosia leimasivat kamppailut sekä kentällä että sen ulkopuolella, kun he yrittivät löytää kestävää menestystä. Heillä ei kuitenkaan kestänyt liian kauan tehdä vaikutusta perustamisensa jälkeen, kun he voittivat alueellisia tittelin ensimmäisen maailmansodan aikana (lähde). Joitakin tämän aikakauden merkittäviä pelaajia ovat Otto Warmbrunner, Wilhelm Bender ja Richard Kress.
Näistä varhaisista saavutuksista huolimatta Eintrachtilla oli vielä paljon parantamisen varaa. He kokivat vaihtelevia omaisuuksia suurimman osan toista maailmansotaa edeltäneestä historiastaan - joskus nauttien onnistuneista vuodenajoista ja toisaalta joutuivat putoamaan.