L'Eintracht Francoforte è stata ufficialmente fondata l'8 marzo 1899, come Frankfurter Fußball-Club Victoria von 1899. L'idea iniziale alla base della formazione della squadra era quella di creare una squadra di calcio che potesse rappresentare la città di Francoforte e competere contro altre squadre della regione. Fu solo il 24 maggio 1911, quando raggiunsero la svolta fondendosi con un altro club locale chiamato Kickers per formare il TuS Eintracht Francoforte/Kickers (fonte: einrichtfrankfurt.de).
I primi anni per l'Eintracht furono segnati da difficoltà sia dentro che fuori dal campo mentre cercavano di trovare un successo duraturo. Tuttavia, non ci vollero molto tempo per avere un impatto dopo la loro formazione quando vinsero titoli regionali durante la prima guerra mondiale (fonte). Alcuni giocatori importanti di quest'epoca includono Otto Warmbrunner, Wilhelm Bender e Richard Kress.
Nonostante questi primi risultati, l’Eintracht aveva ancora ampio margine di miglioramento. Hanno vissuto fortune altalenanti durante gran parte della loro storia prima della Seconda Guerra Mondiale, a volte godendo di stagioni di successo mentre in altri momenti si sono ritrovati retrocessi.