- L'FC Union Berlin è stata fondata nel 1966, risultato della fusione di due club esistenti, l'SC Union 06 Oberschöneweide e il TSG Oberschöneweide. L'unione mirava a creare una squadra più forte in grado di competere con i migliori club tedeschi fonte.
Nei suoi primi anni, il club ha lottato per mantenere la coerenza a causa dell'interferenza politica nella struttura sportiva della Germania dell'Est. Nonostante questi ostacoli, l'Union Berlin ottenne alcuni notevoli successi come vincere la FDGB-Pokal (Coppa della Germania dell'Est) nel 1968 fonte.
Figure chiave di questo periodo includono Gerhard Graf che ha giocato oltre 250 partite per il club tra il 1966 e il 1979. Vale anche la pena menzionare Heinz Werner che ha allenato la squadra fino al successo in coppa.