आइंट्राच्ट फ्रैंकफर्ट की आधिकारिक तौर पर स्थापना 8 मार्च, 1899 को फ्रैंकफर्टर फ़्यूज़बॉल-क्लब विक्टोरिया वॉन 1899 के रूप में की गई थी। टीम बनाने के पीछे प्रारंभिक विचार एक फुटबॉल क्लब बनाना था जो फ्रैंकफर्ट शहर का प्रतिनिधित्व कर सके और क्षेत्र की अन्य टीमों के खिलाफ प्रतिस्पर्धा कर सके। यह 24 मई, 1911 तक नहीं था, जब उन्होंने TuS आइंट्राच फ्रैंकफर्ट/किकर्स बनाने के लिए किकर्स नामक एक अन्य स्थानीय क्लब के साथ विलय करके अपनी सफलता हासिल की (स्रोत: einrichtfrankfurt.de).
आइंट्राच्ट के शुरुआती वर्षों में मैदान के अंदर और बाहर दोनों जगह संघर्ष करना पड़ा क्योंकि उन्होंने निरंतर सफलता पाने की कोशिश की। हालाँकि, अपने गठन के बाद जब उन्होंने प्रथम विश्व युद्ध के आसपास क्षेत्रीय खिताब जीते तो उन्हें प्रभाव डालने में ज्यादा समय नहीं लगा (स्रोत). इस युग के कुछ उल्लेखनीय खिलाड़ियों में ओटो वार्मब्रूनर, विल्हेम बेंडर और रिचर्ड क्रेस शामिल हैं।
इन प्रारंभिक उपलब्धियों के बावजूद, आइंट्राच्ट में अभी भी सुधार की काफी गुंजाइश थी। द्वितीय विश्व युद्ध से पहले के अपने अधिकांश इतिहास के दौरान उन्होंने भाग्य में उतार-चढ़ाव का अनुभव किया - कभी-कभी सफल सीज़न का आनंद लेते हुए जबकि अन्य समय में खुद को कमज़ोर पाया।