Bayern Munchen, cunoscut oficial ca Fußball-Club Bayern München e. V., a fost fondată la 27 februarie 1900, de un grup de unsprezece jucători pasionați de fotbal condus de Franz John (FC Bayern Munchen). Clubul a fost înființat ca urmare a unui dezacord cu Münchner Sport-Club (MSC), unde fotbaliștii au simțit că nu primesc suficientă concentrare și atenție.
În primii ani, Bayern Munchen s-a confruntat cu mai multe provocări. Echipa a început în ligile locale înainte de a ajunge la competiția de fotbal de top din Germania. Primul lor succes notabil a venit în 1932, când au câștigat campionatul lor inaugural german (Bundesliga).
În primii ani, câțiva jucători semnificativi au contribuit la modelarea istoriei clubului. Josef „Pipinsried” Pöttinger a fost una dintre acele legende care au marcat 34 de goluri incredibile în timpul sezonului, ceea ce i-a ajutat să obțină prima victorie a titlului german în 1932.