Bayern Monachium, oficjalnie znany jako Fußball-Club Bayern München e. V., została założona 27 lutego 1900 roku przez grupę jedenastu zapalonych piłkarzy pod przewodnictwem Franza Johna (FC Bayern Monachium). Klub powstał w wyniku nieporozumienia z Münchner Sport-Club (MSC), gdzie piłkarze czuli, że nie poświęca im się wystarczającego skupienia i uwagi.
We wczesnych latach Bayern Monachium musiał stawić czoła kilku wyzwaniom. Zespół zaczynał w lokalnych ligach, zanim trafił do najwyższej klasy rozgrywek piłkarskich w Niemczech. Pierwszy znaczący sukces odnieśli w 1932 roku, kiedy zdobyli inauguracyjne mistrzostwo Niemiec (Bundesliga).
W pierwszych latach swojej działalności kilku znaczących graczy przyczyniło się do ukształtowania historii klubu. Josef „Pipinsried” Pöttinger był jedną z tych legend, którzy strzelili w sezonie niesamowite 34 gole, co pomogło im zapewnić sobie pierwszy tytuł mistrza Niemiec w 1932 roku.