Bayern München, joka tunnetaan virallisesti nimellä Fußball-Club Bayern München e. V. perusti 27. helmikuuta 1900 yhdentoista intohimoisen jalkapalloilijan ryhmä, jota johti Franz John (FC Bayern München). Seura perustettiin Münchner Sport-Clubin (MSC) kanssa syntyneen erimielisyyden vuoksi, jossa jalkapalloilijat kokivat, että he eivät saaneet tarpeeksi keskittymistä ja huomiota.
Alkuvuosinaan Bayern München kohtasi useita haasteita. Joukkue aloitti paikallissarjoissa ennen kuin se pääsi Saksan huipputason jalkapallokilpailuun. Heidän ensimmäinen merkittävä menestys tuli vuonna 1932, kun he voittivat ensimmäisen Saksan mestaruutensa (Bundesliiga).
Varhaisten vuosien aikana jotkut merkittävät pelaajat osallistuivat seuran historian muokkaamiseen. Josef "Pipinsried" Pöttinger oli yksi niistä legendoista, jotka tekivät uskomattomat 34 maalia kauden aikana, mikä auttoi heitä varmistamaan ensimmäisen Saksan mestaruutensa vuonna 1932.