- FC Union Berlin perustettiin vuonna 1966 kahden nykyisen seuran, SC Union 06 Oberschöneweiden ja TSG Oberschöneweiden, yhdistämisen tuloksena. Liiton tavoitteena oli luoda vahvempi joukkue, joka pystyy kilpailemaan Saksan huippuseurojen kanssa lähde.
Alkuvuosinaan seura kamppaili ylläpitääkseen johdonmukaisuutta poliittisen puuttumisen vuoksi Itä-Saksan urheilurakenteeseen. Näistä esteistä huolimatta Union Berlin onnistui saavuttamaan merkittäviä menestyksiä, kuten voiton FDGB-Pokalin (Itä-Saksan Cup) vuonna 1968 lähde.
Tämän ajanjakson avainlukuihin kuuluu Gerhard Graf, joka pelasi seurassa yli 250 ottelua vuosina 1966-1979. Mainitsemisen arvoinen on myös Heinz Werner, joka valmensi joukkuetta cup-menestykseen.